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地元・近江八幡で「御坊さん」と親しまれている本願寺八幡別院は、１５５８（永禄元）年に本願寺第11代顕如上人が江州蒲生野に創建された金台寺を前身としています。１５８０（天正８）年に織田信長の寺地寄進により安土城下へ、１５９２（文録元）年に豊臣秀次の寺地寄進により八幡城下、現在の地へと移されました。その後、１８７６（明治９）年に八幡別院と改称され、今日に至っています。

　現在の本堂は１７１６（享保元）年、表門は１７６７（明和４）年、裏門は１７８２（天明２）年、鐘楼は１８２５（文政８）年にそれぞれ建立され、いずれも滋賀県有形文化財の指定を受けています。別院周囲には堀が廻らされ、城郭のような風情を残しています。

　近年は滋賀教区・本願寺八幡別院修復総合計画に基づき、教区会館を新設し、続いて裏門・庫裏・表門・鐘楼・本堂と順次修復工事を行い、２００４（平成１６）年５月に落慶法要を営みました。